Am 13. Juni äußerte das aserbaidschanische Außenministerium seine tiefe Besorgnis über die Militäroperationen Israels gegen iranisches Territorium und verurteilte die Eskalation aufs Schärfste. Das Ministerium forderte beide Seiten auf, ihre Differenzen ausschließlich durch Dialog und diplomatische Mittel im Einklang mit dem Völkerrecht beizulegen, und betonte die Notwendigkeit, Zivilisten und zivile Infrastruktur zu schützen. Es hob die Bedeutung der Fortsetzung der diplomatischen Kontakte und der Nutzung einschlägiger internationaler Mechanismen hervor, um eine weitere Eskalation im Nahen Osten zu verhindern.

In einer separaten Erklärung riet das Ministerium den aserbaidschanischen Bürgern, aufgrund der angespannten Sicherheitslage von Reisen nach Iran abzusehen, sofern diese nicht unbedingt notwendig sind. Diejenigen, die sich derzeit in Iran aufhalten, wurden aufgefordert, äußerste Vorsicht walten zu lassen, Gebiete in der Nähe von Militär- und Nuklearanlagen zu meiden und die Sicherheitsanweisungen der lokalen Behörden zu befolgen. Aserbaidschanische Staatsangehörige wurden außerdem aufgefordert, sich in Notfällen an die aserbaidschanische Botschaft in Iran oder das Generalkonsulat in Täbris zu wenden.

Am 13. Juni startete Israel eine Reihe von Präventivschlägen gegen iranische Nuklearanlagen, darunter Einrichtungen in Natanz, Khondab und Khorramabad. Die Operation richtete sich auch gegen militärische Einrichtungen und die Wohnhäuser hochrangiger Beamter, darunter IRGC-Kommandeur Hossein Salami und der Stabschef der Streitkräfte, Mohammad Bagheri. Bei den Angriffen kamen mehrere hochrangige Militärkommandeure und Atomwissenschaftler ums Leben. Die israelischen Streitkräfte (IDF) rechtfertigten die Operation mit den fortgeschrittenen Urananreicherungsaktivitäten des Iran, die eine Reinheit von 60 % erreicht hatten und damit fast waffenfähigem Material entsprachen. Die Internationale Atomenergiebehörde (IAEA) hatte kürzlich berichtet, dass der Iran seinen nuklearen Verpflichtungen nicht nachkomme, was die Spannungen weiter verschärfte. Als Reaktion darauf kündigte der Iran eine „harte Antwort“ an, wobei der oberste Führer Ayatollah Ali Khamenei Israel ein „bitteres und schmerzhaftes“ Schicksal androhte. Berichten zufolge hat das iranische Militär Raketen und Drohnen für Angriffe auf israelisches Gebiet mobilisiert. Die Lage hat Israel dazu veranlasst, den Notstand auszurufen und sich auf mögliche iranische Vergeltungsmaßnahmen vorzubereiten.